Die Stämme von Chl. trachomatis lassen sich in drei Biovare einteilen: Trachom, Lymphogranuloma venereum und Maus. Die beiden erstgenannten sind exklusiv humanpathogen und sind insgesamt 14 mit jeweils charakteristischen Krankheitserscheinungen zuzuordnen:

In den Industriestaaten sind die Biovare D-K von Chl. trachomatis die am häufigsten sexuell übertragenen Erreger. Primärinfektionen können bereits bei der Geburt stattfinden und Konjunktivitiden und Pneumonien zu Folge haben. Etwa die Hälfte dieser peripartalen Infektionen verläuft jedoch asymptomatisch. Die Erreger können persistieren und so bereits beim Neugeborenen den Grundstein für eine chronische Erkrankung legen.

Die chlamydieninduzierte reaktive Arthritis tritt auf nach Urogenitalinfektionen mit den Serovaren D – K. Auch nach Infektionen mit den Serovaren L₁-L₃ wurden vereinzelt reaktive Arthritiden beschrieben.

1-4% aller nicht durch Gonokokken induzierten Urethritiden führen in der Folge zu einer reaktiven Arthritis (d). In 50% dieser Fälle läßt sich serologisch oder durch Urogenitalabstriche Chlamydia trachomatis als Verursacher nachweisen.

Die Diagnostik erfolgt über den Erregernachweis (in der Kultur; durch den Nachweis der Einschlußkörper im Direktpräparat oder durch den Nachweis chlamydialer DNA im Sondentest) oder serologisch durch Antikörpernachweis im IIFT (Indirekter Immunfluoreszenztest) oder ELISA (Enzyme Linked ImmunoSorbent Assay) und neuerdings im Immunoblot und der PCR (Polymerase Chain Reaction).

Gerade bei länger bestehenden urogenitalen Infektionen und der Entwicklung einer reaktiven Arthritis ist unter Umständen kein Antigen mehr nachzuweisen und eine Diagnostik ausschließlich durch serologische Methoden möglich, wobei hier dem Immunoblotting eine besondere Bedeutung zukommt, da über die immunologische Reaktion gegen einzelne Antigene durchaus weitergehende Aussagen möglich sind.